无奈之下，吴之荣找上了另一个出资刊刻《明史辑略》的朱佑明。朱佑明也是一个腰缠万贯的大商人，他购买了一间大宅，加以扩建装饰，并收购朱国祯家的匾额——"清美堂"一块，挂在家中的正堂上，颇为自得。谁知这恰好也姓朱的匾额，即将为他引来灭门之祸。

朱佑明听説庄允城这般强硬，于是也对吴之荣置之不理。没想到吴之荣这个无赖竟亲自登门勒索。朱、庄两家也自有一套对付的办法。家中所有的男子全都回避，只留妇女一百多人，等吴一进门就群起辱骂他，乱成一团，当地的守备官兵前来查看究竟，朱、庄两家于是支使银两，将吴之荣又一次赶了出去，一直撵到吴江才回来。

吴之荣几次受辱，恼羞成怒，必欲雪之而后快，但是当地从省到州县的大小衙门都被朱、庄两家用钱给买通了。他于是向北京进发，摘取了书中的一些违逆字句，以造写逆书为名，并将书中原指朱国祯的"朱史氏"下面添刻"即朱佑明"字样，向刑部控告朱、庄两家。

案子一到北京，就受到了高度的重视。

清朝统治者以异族的身份入主中原，这在一向标榜自己是"中央帝国"，轻视周围蛮夷之族的华夏民族来説，是难以接受的事实。在他们看来，满洲人统治中原，是野蛮民族凌驾于有着悠久文化和历史的汉族之上，这就好像是青天塌陷、大地分解一样。因此，尽管清朝人已经进入北京即将0年，也成功地击败了几个在江南苟延残喘的明朝小朝廷，但是，在广大的老百姓，特别是南方的读书人中间，对这个异族的抵触情绪仍然很深。他们采用结社交流文学的方式，从事着反抗清朝统治的活动。对这种情况，顺治皇帝生前就已经注意到了，他曾经下令禁止民间文人之间的结社活动，朝廷也曾经通过几次大的案件来打击江南文人的反抗情绪。在和我们的故事发生地相距很近的南京，在一年之前，两个月之内，连续发生了"奏销"和"哭庙"两起大案，被处死和流放的超过百人。

那么，对于紧接着出现的同样涉及到违逆的庄氏史狱，清廷自然不会放过。

康熙元年（166）十一月，刑部派一个叫罗多的满族官员来湖州调查此事。经过一番初步审理，庄允城、朱佑明被押解北京，打入刑部监狱。庄允城经过这一番惊吓，再加上拷打，一个月以后就病死狱中。而朱佑明，恰好同赵君宋关在一处，朱佑明知道赵是首先出来告发此事的，便以事成之后以家产的一半相赠，请赵为他掩饰。赵君宋一时心动，便在审讯中説："此书（指吴之荣所持，到北京控告两家的书）并不完全，我自己就有一部，经过细查，其中朱史氏下就没有朱佑明字样。"浙江督抚一听这话，立刻抄出那部原刊本的《明史辑略》。