作为一个高人气的系列作品，神奇宝贝系列在流行文化中无疑留下了自己的记号。神奇宝贝系列中登场的神奇宝贝们也变成了流行文化的符号：梅西感恩节大游行上两个不一样的皮卡丘气球、全日空的口袋妖怪喷气机、数以千计的衍生商品，名古屋和台北的神奇宝贝公园等等。神奇宝贝在1999年登上了时代杂志

2011年11月人，任天堂在纽约洛克菲勒中心建立了神奇宝贝中心商店。其设计模仿了大阪和东京的其他两个神奇宝贝中心，并以神奇宝贝系列游戏中的标志物命名——神奇宝贝是训练师用来给神奇宝贝们在对战后恢复体力的功能性建筑。商店在两层内出售从神奇宝贝T恤到填充玩具在内的一系列神奇宝贝周边产品。

约瑟夫·托宾将系列的成功归功于一串能被观众被记忆并交流的神奇宝贝名称。内涵丰富的神奇宝贝世界观提供给了观众们讨论、猜想并证明的平台。在各种语言的神奇宝贝系列中，任天堂特别注意了神奇宝贝名称的翻译，使其体现各个地区的文化特征。命名是以神奇宝贝的特质为原则进行的，这符合了孩子们认为名字具有特别象征的观念。孩子们可以在结组讨论中通过评价神奇宝贝们形象来证实自己的个性与同他人之间的共性。

神奇宝贝无印篇：在无印篇中，新手训练家小智从大木博士那里获得的是一只勉勉强强又喜怒无常又不喜欢进入精灵球的皮卡丘，小智离开家乡真新镇，在关都地方展开他的旅程。在赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，参加神奇宝贝联盟。在旅途中加入小智的是两位良师益友——小刚和小霞。

参加石英大会之后，小智受大木博士之托启程前往橘子群岛，从内木博士处取得GS球，小刚暂时留在内木博士处。旅途中小智参赛橘子联盟，还遇到神奇宝贝观察家小建，便与他一同旅行。回到真新镇后，大木博士无法理解怎么样把GS球打开，所以就把小建留下做助手，派小智、小霞、小刚前往城都地区，把GS球交给桧皮镇的钢铁先生。再次，小智参加了神奇宝贝联盟－城都联盟的白银大会。

神奇宝贝超世代：城都联盟篇结束后，小霞为了接替出门旅行的三位姐姐而不得不返回华蓝市担任道馆训练家，小刚也因为因家里有事和小智分离了。小智重新出发，基于想要以一个新人的心态继续学习的心态，所以只带着皮卡丘只身前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和其弟弟小胜，后来小刚又重新加入，于是四人并展开全新的冒险。超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同之处是，故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。联盟大会结束后，则改挑战故乡关都地区的对战开拓区；另一方面小遥则以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。

神奇宝贝钻石与珍珠：对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆。小智则受到了小茂的鼓励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区开始新的挑战。

小智、小光和小刚3人的旅程并非一帆风顺，他们在路途上遇上很多人和事，小智曾惨败给真司，小光也曾在2次华丽大赛的第一次审查惨遭淘汰出局。几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，首次参加便晋级至决赛，但在决赛以稍微差距败于好友小望；小智亦集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好开始，在第1回战打败尚志，第2回战打败某女路人，第3回战(16强)打败考平，8强更打败真司，可是他无法势如破竹而在准决赛惨败于达克多，4强出局。

神奥之旅随着神奥联盟结束而来到尾声，小智及小刚曾邀请小光一同前往关都地方，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与皮卡丘及小刚乘船返回关都地方。翌日日出后，小智和小刚回到关都地方，在往真新镇及尼比市的分叉路口

，小智和小刚握手及互相祝福对方后正式告别。小智和皮卡丘终于看见真新镇，他们跑进返回真新镇前的最后一段路，神奥之旅正式划上句号。

神奇宝贝：超级愿望：讲述小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台——合众地区，?这里居住着许多他们所不知道神奇宝贝。当小智知道合众地区神奇宝贝后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而冒险随之而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的神奇宝贝以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。

神奇宝贝XY：立志成为神奇宝贝大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地区，心中怀着新的理想告别了合众地区的同伴天桐和艾莉丝，在卡洛斯地区与新认识的旅行伙莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的神奇宝贝相遇的冒险故事。

2015年10月29日开始播出《神奇宝贝XY&Z》。2016年8月18日放送的「卡洛斯联盟优胜小智的巅峰决战」中，小智使用（粘美露龙、音波龙、甲贺忍蛙、战斗飞鸟、烈箭鹟、皮卡丘）在最后一战超级甲贺忍蛙VS超级喷火龙中败北，获得亚军。在比赛之后，闪焰队对基格尔德实验并暴走结束。

小智：《神奇宝贝》动画全系列主角，年龄约10岁，出身于真新镇，是个朝气蓬勃、热爱神奇宝贝的少年。在旅途中，通过伙伴神奇宝贝的帮助，小智逐渐成长，不断磨练自己，挑战道馆，战胜困难前往下一个城镇，最终获得石英大会的参赛权，虽然取得了16强的好成绩，但小智并未就此满足。他继续前往新的地区旅行，与新的神奇宝贝邂逅，与新的伙伴们并肩作战、共同朝自己的目标前进，接受新的挑战。

皮卡丘：小智神奇宝贝。拥有比其它皮卡丘更强大的电力，因而成为了火箭队的目标；它不喜欢呆在精灵里，是小智因为领取初始神奇宝贝时迟到而命运的邂逅。拒绝进化，深信不进化也能战胜自己的进化型——雷丘。

小霞：《神奇宝贝无印篇》主角，年龄约10岁，自称是世界级美少女、俏皮的美人鱼、华蓝美女四姐妹之一，现任华蓝道馆训练家。喜欢水系神奇宝贝，立志成为水系神奇宝贝大师。因对她的姐姐生腻而外出旅行，来追求成为世界最伟大的水系训练家。当她在真新镇和常磐市之间的河边钓鱼时，她偶遇小智，于是就这样结伴旅行。

小刚：《神奇宝贝无印篇》至《神奇宝贝DP》主角，曾是尼比市的道馆训练家。他与小智打完道场赛后次与小智一起旅行。从尼比市出发时，目标是神奇宝贝饲育家。他很擅长家务和料理，而且比其他人更神奇宝贝的知识。小刚很迷恋年龄比他大的大姐姐，不过每次都被拒绝，经常会在求爱的时候被小霞揪着耳朵拖走。在神奥联盟后的一次事件令他改变志向，令他立志成为神奇宝贝医生。

小建：《神奇宝贝无印篇之橘子联盟》主角，是神奇宝贝观察家，随身带着一本写生簿，随时神奇宝贝的各种生态，在橘子群岛的澎柑岛遇到了小智和小霞，便加入旅行行列希望见到大木博士，在小智成功挑战橘子联盟回到真新镇后，小建留在大木研究所做大木博士的助手，之后小智出发去其他地区时，把神奇宝贝都交给他管理，得力助手是小智的妙蛙种子。

小遥：《神奇宝贝超世代》主角，年龄约10岁。父亲是丰缘地区橙华道馆的训练家千里，为了成为独立神奇宝贝训练家而展开旅程，虽然刚满10岁训练年龄，但是还是得拿神奇宝贝做修行，老实说她几乎神奇宝贝一窍不通，所以有时也会闹出笑话来。因最心爱的越野脚踏车被小智的皮卡丘的强大电击烧焦而一起同行。个性开朗，但有时很糊涂。后来决定挑战华丽大赛，以大型庆典和顶尖协调训练家为目标旅行。

小胜：《神奇宝贝超世代》主角。小遥的弟弟，7岁，持有精灵领航员的人。喜欢神奇宝贝，了解很多专业知识。但是说话也很不客气。有时会指导姐姐小遥，但也常被小遥和她的神奇宝贝给修理一顿。很注意小刚照顾神奇宝贝的方式和方法。梦想是成为像父亲一样杰出的道馆训练家

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小光：《神奇宝贝钻石与珍珠》主角。住在神奥地方双叶镇的10岁女孩。以成为协调训练家为目标出发旅行，和小智一起旅行的同伴之一。她的目标是成为顶尖的协调训练家，跟她母亲彩子一样。她的神奇宝贝是从山梨博士处获得的波加曼。小光在旅行中参加各地的华丽大赛，陆续收话到了全部的五个缎带，终于在梦想的华丽大型庆典出场。口头禅是“没问题”，但事实上，当她说“没问题”的时候就是最有问题、最危险的时候。

艾莉丝：《神奇宝贝超级愿望》主角。喜欢爬树，精通树果，具有野生的行动力的女孩子，身手极为敏捷，故乡是合众地方的双龙市。受村里的老奶奶指点，和年幼的龙系神奇宝贝牙牙一起旅行和成长。在鹿子镇附近与小智邂逅，后来在三曜市接受了小智和天桐的邀请便结伴而行。对小智的评价是“真是个小孩”。艾莉丝是个野性少女，她喜欢荡摇在藤蔓，也喜欢吃浆果。旅行的时候，她的神奇宝贝以及朋友牙牙不躲在精灵球里，而隐藏在她头发中。艾莉丝非常活跃，她有时会在树迅速地爬树，她也喜冒险，并且很大胆。

天桐：《神奇宝贝超级愿望》主角。具有丰富的知识和经验，可以诊断训练家神奇宝贝之间关系并做出建议的A神奇宝贝服务生，同时也是三曜道馆的道馆训练家之一（与其他两位道馆训练家寇恩和伯特为三胞胎兄弟），和自己的兄弟都非常受少女们的欢迎。他的对战方式是大胆加上华丽。天桐是A级的神奇宝贝酒侍，会鉴定神奇宝贝和它的训练家的适合度。他神奇宝贝（特别是合众地方的神奇宝贝）的知识丰富。谈到神奇宝贝的内容，他跟他兄弟喜欢神奇宝贝跟茶或者酒联系起来。

莎莉娜：《神奇宝贝XY》主角，来自卡洛斯地区的时尚少女，是小智在卡洛斯地方旅途中一起旅行的同伴之一。幼年时期曾与小智参加过同一个训练营，在一次迷路时腿受伤的情况下小智帮莎莉娜绑了绷带，并且从小智那得到鼓舞，这让莎莉娜印象深刻。在电视直播中看到小智的身影后，决定追随小智的脚步进行旅行。从母亲那里掌握了铁甲犀牛大赛的知识和技能，但是没有往那方面发展的意思。会做饭也了解流行知识，在旅行时担当向导。欣赏小智气势如虹的性格，因为小时候的事情对他有些好感。

希特隆：《神奇宝贝XY》主角，来自卡洛斯地区的密阿雷，是柚莉嘉的哥哥，是小智在卡洛斯地区旅行的同伴之一，是密阿雷市的道馆训练家，也是一个科学爱好者，但除了长尾怪手手臂、希特隆二号机器人之外，其他发明总在使用后坏掉，留下希特隆二号管理道馆，并与小智许下“小智拿到四个徽章后便于他挑战”的承诺。

柚莉嘉：《神奇宝贝XY》主角，来自卡洛斯地区的密阿雷市，是希特隆的妹妹，是小智在卡洛斯地区旅行的同伴之一，性格坚毅，是一个可靠的小女孩，由于未满十岁，还神奇宝贝训练家，她只能“保管”希特隆的神奇宝贝，对于邂逅新的神奇宝贝感到兴奋，尽管她不能拥有神奇宝贝，但她尽自己所能参加各种活动，十分享受照顾神奇宝贝的过程。

莉莉艾：《神奇宝贝太阳月亮》主角，小智的同班同学。莉莉艾十分喜欢神奇宝贝，但却因为某些缘故不能触碰他们。不过要论神奇宝贝知识的话她是学校里的第一名。

卡奇：《神奇宝贝太阳月亮》主角，小智的同班同学。卡奇热爱火属性的神奇宝贝。他的家里经营神奇宝贝牧场，上学之外的时间会在牧场里帮忙。

玛奥：《神奇宝贝太阳月亮》主角，小智的同班同学。玛奥喜欢草属性的神奇宝贝。热情活泼的她做事有些马马虎虎的，积极的在自家经营的小店“爱纳食堂”担任看板娘。

水莲：《神奇宝贝太阳月亮》主角，小智的同班同学。水莲喜欢水属性的神奇宝贝。表面上性格腼腆的她其实是个行动派，是镇上渔夫家三位女儿的长女。

马玛内：《神奇宝贝太阳月亮》主角，小智的同班同学。马玛内喜欢电属性的神奇宝贝。醉心于理科的极客少年，会彻底的分析需要研究的事情。